José Javier Marcos wurde am 19. März 1961 in Palencia (Spanien) geboren. Er studierte Rechtswissenschaften an den Universitäten Valladolid und León. An der Päpstlichen Universität Santa Croce promovierte er in Theologie.

Von 1984 bis 1990 war er als Rechtsanwalt in Burgos tätig. In dieser Zeit war er Vorsitzender der Vereinigung junger Anwälte und nahm an verschiedenen Juristenkongressen und Arbeitskreisen teil. Er war zudem beratendes Mitglied einer Kommission zur Hilfe für Drogensüchtige und Fragen des Drogenkonsums (1987-1990).

1992 wurde er Leiter der Abteilung für Hochschulentwicklung und Mitglied des Rektorats der Universität Santa Croce in Rom. In dieser Eigenschaft koordinierte und leitete er die Abteilungen für Wirtschaftliche Entwicklung, Öffentlichkeitsarbeit, Recht, Veröffentlichungen und Personal.

Nach seiner Priesterweihe im Jahre 1998 lehrte er Moraltheologie. Er hat verschiedene Veröffentlichungen über Affektivität und Christliche Moral verfasst.

2010 wurde er zum zentralen Sekretärvikar der Prälatur Opus Dei ernannt.